Partiendo de su condición de "zoquete", - él se autocalifica así a lo largo de todo el libro -, analiza el sistema educativo, la disposición al estudio del alumno y la relación alumno/profesor, entre otros temas. Tras la lectura de Mal de Escuela uno no sabe cuál es la fórmula para que un mal alumno pueda reconducirse o un buen alumno pueda malograrse. Sí parece colegirse que una buena educación familiar crea en el niño una personalidad donde prima el respeto, la tolerancia, la amistad, el trato correcto o las buenas maneras. Después las capacidades para el estudio dependen de la persona, además de una buena motivación del alumno, buenos profesores o un sistema educativo bien diseñado. Daniel Pennac trata con cariño y comprensión, aunque no por ello deja de darles varapalos puntuales, a todos aquellos que se les hace cuesta arriba las operaciones matemáticas, la sintaxis o la historia. La motivación, el detonante que pone
en marcha el interés por el estudio puede ser variado: un profesor, una lectura, la familia, una palabra, la televisión, la música, un amigo, etc. Para otros estudiantes esta transformación no se produce nunca. Daniel Pennac trata con especial cariño a esos estudiantes con dificultades de integración social o de aceptación por su condición de inmigrantes, situación que se ha dado en Francia desde hace unas cuantas décadas. En su etapa educativa como profesor de Lengua y Literatura se ha inclinado especialmente hacia estos grupos tratando de facilitarles el camino de la formación. Sin embargo, se percibe en esta obra su inflexibilidad y rechazo hacia los alumnos violentos y desvergonzados o los destructores del buen ambiente escolar. Predica la libertad del hombre mediante el saber y la formación. Esto hace que se tenga más criterio y capacidad de elegir mejor entre diferentes situaciones. Pero también recalca ese sometimiento que los jóvenes tienen, a causa del marketing y la incitación al consumo, y que les reduce la capacidad crítica de elección que ellos a veces creen tener. Sobrevuela en Mal de Escuela la satisfacción del autor al haber conseguido superar sus dificultades durante la enseñanza primaria, y partiendo de su condición de "zoquete" - aunque no está muy claro cómo -, superarse día a día hasta lograr licenciarse en Lengua y Literatura y, posteriormente, aportar su grano de arena como enseñante.
